L’Akatsuki, est une organisation extrêmement puissante et dangereuse. Elle est composée de 9 ninjas déserteurs, appelés Nukenin, tous répertoriés dans le Bingo Book, au niveau de Rang S, c'est à dire le niveau le plus haut. Ces shinobis proviennent de tous les villages du monde de Naruto, ils sont recherchés par tous et sont bien évidemment très puissants avec des pouvoirs uniques et incroyables. Ils ont abandonné leur village pour poursuivre un but plus titanesque. L’organisation exécute la plupart de leur mission à deux. Auparavant, celle-ci possédait 10 membres mais Orochimaru quitta l’organisation. L’Akatsuki est à la recherche de Bijuus, afin d’utiliser leur puissance. Chaque membre doit capturer au moins un Bijuu.